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???????刻在科研人骨子里的严谨，没有人不喜欢可重复性高的数据。然而现实很打脸，尤其在甲基化测序数据面前，可重复性往往会将一个好的idea扼杀在摇篮里，选择一个好的检测手段是一个良好的开始。很多老师在进行甲基化项目的研究时发现聚类结果不如预期或者技术重复性差，这个时候会考虑对这个样本进行重新检测或者重新制备样本，造成研究成本的浪费和宝贵时间的流失。那么如何规避这些问题呢？或许选择一个靠谱的检测手段能够解决这个问题。为此，果壳生物团队针对甲基化芯片检测数据进行了重复性验证。本实验随机挑选了16个样本，对16个样本进行不同批次提取、不同批次甲基化修饰、不同批次上机，数据下机后通过GenomeStudiov1.0软件进行标准化，基于标准化的数据进行后续分析。对前后两次的实验结果进行了相关性聚类分析（基于每个样本的平均甲基化），得到了如下的两个结果：

从结果看，前后重复样本两次上机的甲基化结果基本是一样的，表明果壳生物甲基化芯片的检测技术可重复性很高，不同批次提取，不同批次修饰，不同批次实验，数据重复性良好。

由此延申，可以通过技术重复来对样本的准确性进行检测，可以为数据的可靠性提供强有力的支撑。

DNA甲基化对基因表达有非常重要的动态调控作用，使细胞维持特定状态，抑制病毒和非宿主DNA表达，并促进对环境刺激的反应。DNA甲基化异常及其对基因表达的影响和包括癌症、神经系统疾病和衰老等多种疾病相关。

1.K甲基化芯片

InfiniumMethylationEPIC（简称：K甲基化芯片）芯片保留了其前身InfiniumHumanMethylation芯片＞90%的CpG位点，并额外添加了增强子区域的,CpG位点。通过提供普通和福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）样本在单一CpG水平的定量甲基化检测，该方法为表观遗传变化研究提供了有力的解决方案。

2.全面的基因组覆盖

K甲基化芯片可全面覆盖CpG岛、RefSeq基因、ENCODE开放染色质、ENCODE转录因子结合位点、FANTOM5增强子等区域的位点。InfiniumHD技术可进行内容选择，而避免了DNA甲基化捕获方法的固有误差。

可用于人类不同组织样本的表观基因组关联研究(EWAS)，除CpG位点以外，还包括以下标记分类：

●CpG岛以外的CpG位点；●人类干细胞中鉴定的非CpG甲基化位点(CHH)；●不同组织类型中肿瘤和正常组织差异甲基化位点；●FANTOM5增强子；●ENCODE开放染色质和增强子；●DNase超敏位点；●miRNA启动子区域；●IlluminaHumanMethylation芯片上的＞90%的标记内容。3.简化的工作流程

无需PCR、仅需ng的超低DNA样本量，利用有限的DNA资源完成高价值的样本分析内容。

4.高质量的数据

K甲基化芯片采用了InfiniumI和InfiniumII两种微珠设计方法加强甲基化分析的覆盖深度。尤其InfiniumII仅提供一种微珠类型，经探针杂交后，通过是否发生单碱基延伸即可判定是否甲基化。

5.精密度和准确性

K甲基化芯片检测重复率、与K芯片的检测一致率均达到了98%以上；K芯片与全基因组亚硫酸氢盐测序结果一致率超过了92%。

6.可视化的分析软件

K芯片数据可采用illumina官方开发的软件GenomeStudio的甲基化模块分析，可将原始数据以热图、散点图和线性图的形式展示。GenomeStudio基因组浏览器可全面展示染色体物理位置、GC含量、CpG岛位置、甲基化β值等高价值的信息。对于大规模研究，可以使用R语言包进行甲基化数据的均一化和差异分析。

7.FFPE样本的甲基化研究FFPE样本的甲基化研究是在标准流程基础上，添加了DNA修复步骤InfiniumFFPEDNARestoration，以保证其较高的检出率和重复率。K芯片凭借其全面和专业的位点覆盖、高通量、低成本等优势，成为了大样本量、全基因组DNA甲基化研究的理想解决方案。甲基化K芯片促销活动K甲基化芯片（例），￥/Sample；K甲基化芯片（例），￥/Sample；联系方式

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